In der Zwischenzeit begannen die Invasionen; die Stadt wurde im Jahre 401 von A1arich und 451 von Attila angegriffen. Im gotischen Krieg geriet Padua unter die Herrschaft des oströmischen Kaisers Justinian. Während des Langobarden-Einfalls war es immer noch ein Teil des byzantinischen Machtbereichs, aber im Jahre 601 bemächtigt sich Agilulf der Stadt und macht sie dem Erdboden gleich: dies bedeutet das Ende des weltlichen römischen Patavium, das noch weitere Schicksalsschläge im Laufe der ungarischen Invasion von 899 n.Chr. erleiden wird. Dank der Tatsache, daß es auch unter langobardischer Herrschaft Bischofssitz ist, bleibt die Stadt in ihrer alten Größe erhalten, und dies ist auch eine Ursache für die Blütezeit ab dem 10. Jahrhundert. Die Kathedrale, die Kirche S.Giustina, Klöster und weitere Pfarreien bestimmen das neue, mittelalterliche Stadtbild. Der Bevölkerungszuwachs geht einher mit wachsendem Handel und Reichtum. Die Stadt dehnt sich aus. Trotz eines Erdbebens im Jahre 1117 und einer Feuersbrunst im Jahre 1174 wächst sie mindestens um das Fünffache des ursprünglichen Stadtkerns (der "Insel"). Padua wird wieder Zentrum für Handel und Wandel eines ganz großen Gebietes, mit dem es durch ein gut durchdachtes Straßennetz und eine Rei- he von schiffbaren Kanälen verbunden ist, wie zum Beispiel den Fluß Brenta.
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