Die Universität spielt eine bedeutende Rolle im Zusammenhang mit den neuen Ideen, die kurz vor dem Niedergang der Republik Venedig über die Alpen gelangen: der paduanische Adel ist sogar anfänglich den Franzosen wohl gesonnen, die im April 1797 die Stadt besetzen, bis zum Vertrag von Campoformido, durch den die Stadt in die Hände der Österreicher gelangt. Nachdem sie für kurze Zeit wieder unter franzÖsische Herrschaft kommt und dem italienischen Königreich einverleibt wird, kehrt Padua im Jahre 1813 und bis 1866 schließlich zu österreich zurück. 1848, während des Risorgimento sind die Universität und das berühmte Cafe Pedrocchi das Epizentrum des Aufstandes vom 8.Februar: die Freiheit hält nur wenige Monate an. Der Untergang der Republik Venedig, die französische und österreichische Herrschaft führen dazu, daß die städtischen Kunstschätze weit verstreut werden, Klöster und Kirchen werden demoliert; bis auf das Werk des Giuseppe Jappelli wird nichts wiederaufgebaut. Auch wirtschaftlich verspürt die Stadt Krisensymptome, nicht zuletzt wegen der vorwiegend landwirtschaftlich geprägten Produktion. Erst in den 20er Jahren des 19. Jahrhunderts kommt es zu einem Aufschwung für Handwerk und Handel; dabei entsteht eine Unternehmerklasse heraus, die nun neben dem grundbesitzenden Adel die Führungsschicht bildet. Die wirtschaftliche Entwicklung, vor allem im Bereich des Handels und des Geschäftwesens, ist vor allem der Eisenbahnverbindung nach Verona und Venedig zu verdanken: infolgedessen dehnt sich die Stadt über die Grenzen des 16. Jahrhunderts aus, es entstehen die dichten städtischen Vororte.
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