Von nun an ist das Schicksal der Stadt mit dem der Republik Venedig verbunden, die das "Studium" an der Universität aufwertet und sie zu einem kulturellen Zentrum auf europäischem Niveau macht. Padua wird in den Krieg gegen Kaiser Maximilian verwickelt und 1509 von seinen Truppen belagert, es gelingt der Stadt jedoch, ihn zurückzuschlagen. In der Folgezeit wird eine neue starke Stadtmauer gebaut, die zum Teil heute noch vorhanden ist und die in den folgenden Jahrhunderten, bis in die Zeit nach dem Zweiten Weltkrieg, die städtebauliche Grenzlinie darstellt. Im Innern der Stadtmauer gibt es immer mehr öffentliche und private Gebäude: die Republik baut die Loggia deI Capitanio, rekonstruiert den Palast der Familie Carraresi, schafft den Monte di Pieta (Pfandleihhaus), dies alles, um ihre Anwesenheit zu unterstreichen. Die Adelsfamilien Paduas stehen in keiner Weise dahinter zurück, indem sie neue Paläste bauen oder alte modernisieren; sogar die Kirche schafft imposante Werke, wie zum Beispiel den Dom oder die Basilika der HI.Giustina. Gleichzeitig schreitet die Bodenrationalisierung weiter voran durch den Bau von Villen, die zum größten Teil Eigentum des venezianischen Adels sind und nur zum geringer Teil Adelsfamilien aus Padua gehören. Zwischen dem 15. und dem 16. Jahrhundert befindet sich die Stadt in bezug auf den Bausektor und den kulturellen Bereich in einer Blütezeit. Bedeutende Künstler arbeiten in der Stadt: es genügt Donatello zu erwähnen, Mantegna, Ammannati, Falconetto; die Arbeit Tizians in der Kathedrale des HI.Antonius und, im 16.Jahrhundert, die Mitarbeit des Michelangelo an der Rekonstruktion der Apsis des Doms. Gleichzeitig verzeichnet die Universität einen starken Zuwachs an ausländischen Studenten, die von den berühmten Professoren angezogen werden, darunter z.B. Kopemikus, Fracastoro, Toscanelli und auch Vesalio, Galileo, Bellarmino und viele andere.
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